برای پاکسازی سیستم بصورت دستی ابتدا باید سیستم ریستور را غیر فعال نمود سپس در حالت سیف مد تمام فایل‌ها و کلیدهای کپی شده توسط بدافزار در سیستم را پاک کرد. همچنین برای پیشگیری از آلوده شدن به استاکس‌نت لازم است نقص امنیتی موجود در ویندوز را با استفاده از اصلاحیه منتشر شده توسط مایکروسافت برطرف کرد.
